《古生物學報》、《地層學雜志》、《微體古生物學報》、Palaeoworld、Palaeoentomology和《生物進化》等期刊編輯部均設于本所。其中前三種期刊是中國古生物學和地層學領域最高級別的專業期刊；Palaeoworld是現代古生物學和地層學國家重點實驗室主辦并由Elsevier出版的國際學術刊物（1-14卷過刊全文下載）；Palaeoentomology是由國際古昆蟲學會委托本所主辦的由新西蘭Magnolia Press出版的雙月刊；《生物進化》是面向公眾的古生物科普期刊。本所不定期連續出版物有《中國古生物志》（新甲種---中國的植物化石、新乙種-中國的無脊椎動物化石）、《Palaeontologica Cathayana》(英文版)、《中國科學院南京地質古生物研究所集刊》、《中國科學院南京地質古生物研究所叢刊》和《古植物學和孢粉學文集》等。