《古生物学报》、《地层学杂志》、《微体古生物学报》、Palaeoworld、Palaeoentomology和《生物进化》等期刊编辑部均设于本所。其中前三种期刊是中国古生物学和地层学领域最高级别的专业期刊；Palaeoworld是现代古生物学和地层学国家重点实验室主办并由Elsevier出版的国际学术刊物（1-14卷过刊全文下载）；Palaeoentomology是由国际古昆虫学会委托本所主办的由新西兰Magnolia Press出版的双月刊；《生物进化》是面向公众的古生物科普期刊。本所不定期连续出版物有《中国古生物志》（新甲种---中国的植物化石、新乙种-中国的无脊椎动物化石）、《Palaeontologica Cathayana》(英文版)、《中国科学院南京地质古生物研究所集刊》、《中国科学院南京地质古生物研究所丛刊》和《古植物学和孢粉学文集》等。